Theo kể lại, chùa Liên Hoa được dựng lên sau khi ông hoàng Trịnh Thập (có tài liệu ghi là Trịnh Hợp) (sinh năm 1696, mất năm 1733) con Tấn Quang Vương Trịnh Bính, là cháu nội Chúa Trịnh Căn và là Phò mã vua Lê Hy Tông (Trịnh Thập lấy người công chúa thứ 4) phát hiện một ngó sen sau khi đào đất ở gò cao sau phủ (phường Hồng Mai, sau đổi tên thành Bạch Mai)) để xây bể cạn. Trịnh Thập cho rằng đây là dấu hiệu của Phật và tin rằng mình có duyên với đạo. Vì vậy, Trịnh Thập quyết định chuyển phủ của mình thành chùa Liên Hoa, đồng thời theo đạo Phật, trở thành Lân Giác Thượng Sĩ trụ trì trong chính ngôi chùa này. Theo tấm bia đá khắc năm Tự Đức thứ 10 (1857) hiện còn ở chùa, chùa được xây dựng vào năm Bảo Thái thứ 7 (tức 1726). Năm 1733, Trịnh Thập (lúc đó mới 37 tuổi) mất và được chôn cất trong Tháp Cứu Sinh xây ở chính nơi tìm thấy ngó sen. Sau đó, chùa được đổi tên thành chùa Liên Tông. Đến năm 1840, chùa được đổi tên thành Liên Phái như hiện nay vì kiêng huý vua Thiệu Trị.